Eine gute Bodenstruktur ist eine der wichtigsten Eigenschaften eines Bodens. Die Bodenstruktur beschreibt die räumliche Anordnung der festen Bestandteile des Bodens (Tonteilchen) sowie der Hohlräume, die mit Luft und Wasser gefüllt sind. Sowohl die Kalk- als auch die Humusversorgung des Bodens sind entscheidend für die Struktur des Bodens.
Calcium und Magnesium dienen bei der Bildung der Bodenstruktur als Bindemittel für stabile Krümelbildung. Kalk wird daher hauptsächlich als Bodendünger eingesetzt. Auf schweren und verdichteten Böden wird Kalkdüngung vor allem zur Verbesserung der Bodenstruktur durchgeführt. Sie schützt den Boden auch vor Verschlämmung und Erosion.
Der Ton-Humus-Komplex bezeichnet die Aggregatbildung zwischen den organischen Bestandteilen (Humusstoffen) und den anorganischen Bestandteilen (Tonmineralien). Die zweiwertigen Ca- bzw. Mg-Ionen bilden dabei die Verbindung zwischen Ton und Humus.